Ubuntu側で、Wake on LAN機能の起動命令であるマジックパケット送信するアプリケーションをインストールします。

sudo apt-get install gwakeonlan

gwakeonlan を起動するとこのような画面です。

起動したいマシン名とMACアドレスを設定し、左のチェックボックスをオンにして「Turn On」ボタンをクリックすると、起動します。

起動させたいマシンのBIOSは X58 Extreme3 L2.32 でしたが、設定の変更が必要でした。

以下の設定で起動するようになりました。

「Advanced　→　ACPI Configuration　→　PCI Device Power On」 を Enable